Trama del film Yu-Gi-Oh!: Il lato oscuro delle dimensioni

Yugi Mut? ed i suoi amici sono all'ultimo anno delle scuole superiori e parlano di quello che faranno in futuro. Nel frattempo, Seto Kaiba ha commissionato uno scavo per recuperare il Puzzle del Millennio che è stato smontato e che si trova alle rovine della camera del Millennio. Il prezioso oggetto ospitava precedentemente l'anima del suo rivale, Atem, che spera di far rivivere in modo da sfidarlo nuovamente per regolare i conti che ha in sospeso. Tuttavia l'escavazione viene interrotta da Diva, il quale sfida Kaiba al gioco di Duel Monsters e ruba due pezzi del puzzle, uno di questi lo tiene per sé mentre l'altro lo dà a sua sorella, Sera, che lo consegnerà successivamente a Yugi Mut?.